ధర్మ సంస్థాపనార్థం శ్రీ మహావిష్ణువు దశావతరాల్లో మొదటిదైన మత్స్యావతారం ధరించాడని చెప్పుకున్నాం కదా. పరమ పవిత్రమైన వేదాలను రక్షించడం కోసం మత్స్యావతారం ధరించాడు. కాబట్టి ఈ మత్స్య ద్వాదశి నాడు శ్రీ మహా విష్ణువును పూజిస్తే కష్టాలన్నీ తొలగిపోతాయట. మత్స్య ద్వాదశి రోజున బ్రహ్మ ముహూర్తంలో నిద్రలేచి శుచిగా స్నానమాచరించాలి. అనంతరం పూజామందిరాన్ని శుభ్రం చేసుకోవాలి. నాలుగు రాగి కలశాలను తీసుకుని వాటిని గంగాజలంతో నింపాలి. ఈ నాలుగు కలశాలను సముద్రానికి ప్రతీకగా భావిస్తారు. ఆ తరువాత కలశాలలో పువ్వులు, అక్షింతలు వేసి పూజా స్థలంలో ప్రతిష్టించాలి.
ఇప్పుడు నాలుగు కలశాలను నువ్వులతో కప్పాలి. ఆ తరువాత కలశాల ముందు పసుపుతో తయారు చేసిన విష్ణువు స్వరూపాన్ని తమలపాకులో ఉంచి.. ఆవు నెయ్యితో దీపం వెలిగించాలి. ఆ తరువాత ముందుగా సిద్దం చేసుకున్న కుంకుమ, పూలు, తులసి ఆకులు, అక్షింతలు వేస్తూ విష్ణు సహస్రనామ పారాయణ చేయాలి. విష్ణుమూర్తికి నైవేద్యంగా చక్కర పొంగలి, పులిహోర, కొబ్బరికాయ, అరటిపండ్లు నైవేద్యంగా సమర్పించాలి. అనంతరం స్వామివారికి హారతి ఇవ్వాలి. ఈ సమయంలో ఓం మత్స్య రూపాయ నమః అనే మంత్రాన్ని 108 సార్లు జపిస్తూ ఉంటే మంచి జరుగుతుందట.