క్రీ.శ 14వ శతాబ్దం నుంచి శ్రీనివాసమంగాపురం శ్రీ కల్యాణ వేంకటేశ్వరస్వామివారి ఆలయానికి సంబంధించిన ముఖ్యమైన ఘట్టాలు ప్రారంభమయ్యాయని శాసనాలు చెబుతున్నాయి. క్రీ.శ 1433వ సంవత్సరంలో చంద్రగిరిని విజయనగర రాజులు పాలించారు. ఈ రాజవంశానికి చెందిన రెండవ దేవరాయ తిరుమలలో క్రమపద్ధతిలో వేదపారాయణం చేసేలా ప్రణాళిక రూపొందించగా.. అది బహుళ ప్రజాదరణ పొందింది. ఈ విషయాన్ని ఆలయాధికారి తెలుసుకుని సిద్ధకోట్టై అని పిలవబడే శ్రీనివాసపురానికి(ఇప్పుడు శ్రీనివాసమంగాపురం) చెందిన 24 మంది మహాజనులను స్వామివారి ఆస్థానంలో వేదాలను పారాయణం చేసేందుకు నియమించారు. దీనికి ఆమోదం తెలిపిన రాజుగారు ఇందుకయ్యే ఖర్చు కోసం తన రాజ్య పరిధిలోని సిద్ధకోట్టై గ్రామం నుంచి రాజ్య భాండాగారానికి వచ్చే సొమ్ములో అర్ధ భాగాన్ని మంజూరు చేశారు.
అనంతరం శ్రీ తాళ్లపాక అన్నమాచార్యుల మనవడైన శ్రీ తాళ్లపాక చిన తిరుమలాచార్యులు శ్రీ కళ్యాణ వేంకటేశ్వరుడి ఆలయానికి జీర్ణోద్ధరణ చేసి స్వామివారికి పూజలను తిరిగి ప్రారంభించారు. ఈ క్రమంలో క్రీ.శ 1540లో చంద్రగిరిని పాలించే అచ్యుతరాయలు మంగాపురం గ్రామాన్ని సర్వమాన్య అగ్రహారం(పన్నులేని భూమి)గా శ్రీ తాళ్లపాక చిన తిరుమలాచార్యులకు అందజేశారు. అనంతరం క్రీ.శ 1780లో ముస్లిం రాజులు ఈ ఆలయాన్ని లూటీ చేశారు. ఆలయ ప్రధాన రాజగోపురం, గర్భాలయ గోపురం, విగ్రహాలను పూర్తిగా ధ్వంసం చేశారు. పాక్షికంగా ధ్వంసమైన కొన్ని విగ్రహాలు ప్రస్తుతం చంద్రగిరికోటలో భారత ప్రభుత్వ పురావస్తు శాఖ సంరక్షణలో ఉన్నాయి. 1920వ సంవత్సరంలో బ్రిటీషు ప్రభుత్వం ఈ ఆలయాన్ని జాతీయ పురాతన కట్టడంగా గుర్తించి భారత ప్రభుత్వ పురావస్తు శాఖ పరిధిలోకి తెచ్చింది. అప్పటి నుంచి ఈ ఆలయం భారత ప్రభుత్వ పురావస్తు శాఖ రక్షిత కట్టడాల జాబితాలో ఉంది.